Ministerstvo zdravotnictví je realizátorem projektu z Operačního programu Zaměstnanost s názvem Projektová kancelář Ministerstva zdravotnictví. Předmětem projektu je vznik a zajištění fungování centrální projektové kanceláře Ministerstva zdravotnictví (MZd) se zaměřením na koordinaci a realizaci projektů MZd v operačních programech ESIF 2014-2020, koordinaci projektů příspěvkových organizací MZd v dotačních programech ESIF a projektů naplňujících strategii Zdraví 2020 - Národní strategie ochrany a podpory zdraví a prevence nemocí (Zdraví 2020).

Výstupem klíčové aktivity č. 2 „Formalizace projektového portfolia MZd a projektového portfolia přímo řízených organizací MZd, tvorba metodik“ bylo vytvoření metodik pro pracovníky MZd a postupů pro přímo řízené organizace Mzd.

Jedná se o tyto dokumenty:

1. Metodika základních principů řízení odboru EF,

2. Metodika posuzování projektových záměrů a správy portfolií,

3. Metodika finančního řízení,

4. Metodika kontroly,

5. Metodika přípravy a realizace projektů MZd,

6. Postup pro přímo řízené organizace MZd pro projekty financované z ESIF

7. Postup při zajišťování služeb obecného hospodářského zájmu v resortu zdravotnictví prostřednictvím projektů,

8. Metodika pro vyhodnocování dopadů projektů v resortu MZd,

9. Metodický pokyn pro pracovníky Ministerstva zdravotnictví realizující projekty financované z fondů EU a jiných finančních mechanismů pro ošetření rizika střetu zájmů v rámci veřejných zakázek a dotačních řízení  

10. Oběh účetních dokladů v rámci projektů ESIF realizovaných Ministerstvem zdravotnictví

11. Metodika administrace dotačních programů realizovaných v rámci projektů Operačního programu Zaměstnanost

12. Metodika administrace, financování a kontroly dotací v dotaci v rámci projektů realizovaných Ministerstvem zdravotnictví

Metodiky pro pracovníky Ministerstva zdravotnictví (tj. metodiky 1. - 5. a 7. - 12.) tvoří přílohu č. 1.

Postup pro přímo řízené organizace MZd pro projekty financované z ESIF tvoří přílohu č. 2.